秉承国际化办学的理念，2010年作业治疗方向通过世界作业治疗师联盟（WFOT）国际教育标准的认证，2011年物理治疗方向通过世界物理治疗师联盟（WCPT）国际教育标准的认证。2017年、2018年物理治疗和作业治疗的专业办学再次通过WFOT、WCPT的完全认证。2018年获教育部备案批准新增三个专业：康复物理治疗、康复作业治疗、假肢矫形工程学专业。原康复治疗学专业正式更名为康复物理治疗、康复作业治疗并调整到云南省第一批次招生。
2005年，昆明医科大学康复医学与理疗学硕士点学科以100%的通过率获国务院学位办批准设立，2007年开始招收医学学位硕士研究生，2015年成为博士点学科开始招收博士研究生。至2018年止，康复医学与理疗学硕博点学科在校生30余人，已毕业硕士研究生40余人。2018年，医学技术类一级学科硕士点获批设立，2019年将以康复相关的二级学科（如物理治疗、作业治疗、听力康复、言语语言病理等）招收理学硕士研究生。学院的硕士研究生培养规模将进一步扩大。
2016年9月，经学校党政领导研究认为康复治疗学专业已有很好的工作基础，为主动融入国家"健康中国2030"及云南省政府大力发展生物医药和大健康产业等八大产业的发展战略，贯彻落实国家“创新创业”教育发展方针，决定成立康复医学院。2016年11月24日昆明医科大学康复学院正式挂牌成立。成立后的学院设置党政办公室、教学管理办公室、学生工作办公室和学科、科研及研究生管理等办公室四个科级管理机构；设置康复科学系、物理治疗系、作业治疗系、语言病理学系、听力学系等五个学系，聘请海外系主任4名，荣誉教授2名，客座教授7名。2017年底学院搬迁至东校区拥有1万3千平方米的康复学院新楼，建立了一批具集教学、人才培养、科研及社会服务的较高质量和水平的实验室。包括物理治疗实验室、儿童物理治疗实验观察室、运动控制实验室、肺康复实验室、心脏康复与体适能实验室、儿童作业治疗实验室、文娱治疗实验室/精神心理实验室、日常生活模拟实验室、辅具及压力衣设计与制作实验室、嗓音分析实验室、电测听与听觉诱发实验室、语言病理学实验室、神经电生理实验室、步态分析实验室、图书资料室、模拟物理治疗/心理作业治疗门诊、康复辅具中心等。
未来学院还会在调结构稳增长的基础上增设与大健康产业相关的专业，调整部分专业办学层次。主动服务国家发展生物医药和大健康产业对人才的需求，为产业市场培养更多优质的应用型人才，为产业的国际化与创新性发展注入新的活力。