湿地学院承担了国家自然科学基金委、科技部、国家林业局、云南省科技厅、云南省教育厅、云南省林业厅等湿地领域的纵向科研项目40余项，服务地方湿地保护与恢复的横向项目50余项。其中，纵向项目包括国家自然科学基金云南联合基金1项，十一五、十二五科技支撑计划各1项，973项目前期研究专项3项，国家自然科学基金16项，国家科技基础性专项1项，省部级湿地专项25项。湿地学院近年来先后获省部级科技成果奖4项，其中2017年3月获云南省科学技术奖励科学技术进步奖二等奖，2013年3月获云南省科学技术奖励自然科学奖三等奖，2012年1月获云南省科学技术奖励科学技术进步二等奖，2011年12月获中国林学会颁发的梁希林业科学技术奖二等奖。主编和参编出版《高原湿地保护区生态结构特征及功能分区研究与实践》、《中国湿地文化》、《中国湿地公园建设研究》及《中国国际重要湿地及其生态特征》等专著6部。先后在国内外学术期刊发表研究论文100余篇，其中SCI收录40余篇，中文核心期刊60余篇，总影响因子159.305。初步形成了“高原湿地演化及其关键生态过程”、“ 高原湿地生物多样性及其维持机制”、“高原湿地对气候变化的响应及其反馈机制”、“ 高原湿地保护与恢复关键技术及其评估”等4个特色鲜明的研究方向。