学院前身为2000年成立的现代农业工程学院和2013年成立的云南省食品安全研究院，2018年11月合并组建为农业与食品学院。目前有农业机械化及其自动化、农业水利工程、食品科学与工程（“双万计划”省级一流本科专业点）、食品质量与安全四个本科专业，和农业工程、食品科学与工程2个一级学科硕士点、6个二级学科硕士点、 2个工程硕士授权领域。学院现有教师58人，其中专任教师45人，教授10人，副教授19人，高级工程师1人，高级实验师2人，讲师14人；博士学位获得者36人，博导3人；云南省“千人计划”青年人才5人、云南省“万人计划”青年人才8人、云南省中青年学术与技术带头人3人、云南省中青年学术与技术带头人后备人才2人、昆明市中青年学术和技术后备人选1人。
学院现有科研平台：云南省特色果蔬健康产品工程研究中心、云南省高校高原特色果蔬加工工程研究中心、云南高原特色果蔬加工公共科技服务平台、云南省高校中药材机械化工程研究中心、云南省高校特色作物高效用水与绿色生产重点实验室、云南省高校食品资源生物功能因子研究开发科技创新团队、赵春江院士工作站、昆明市食品高值化加工及安全评价重点实验室、季节性旱区农业高效用水创新团队、高原特色现代农业装备与技术学科方向团队、高原旱区农业节水理论与技术学科方向团队、食品安全分析与检测技术学科方向团队、食品精深加工与副产品高值化利用学科方向团队。